anteriormente ao Segundo Impacto eles descobriram o Adão na Antártida e um grupo foi até lá pra investigar ele. a SEELE, querendo realizar o Projeto de Instrumentalização Humana, sabia que o único jeito de isso acontecer era desativando Adão, então eles usam a Lança de Longinus pra reduzir ele a um estágio embrionário após ele ter sido despertado, e isso causou o Segundo Impacto.
após isso tudo, eles passaram a criar os EVAs a partir de Adão, mas eles precisam de uma alma humana pra funcionar. o EVA do Shinji absorveu a mãe dele e o da Asuka absorveu a alma da mãe dela, deixando um receptáculo vazio que por isso tenta matar a garota e depois se mata, por ele não ter alma. o EVA da Rei eu não entendi muito bem como funcionava, mas nesse episódio a Ritsuko diz que a Rei foi o único clone a ter alma, então ele deve funcionar com alma própria. espero estar certo haha